大结局

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林夕机缘巧合下得到外来宇宙受损的旗舰神州号，并与神州号智脑蓝灵结识，在蓝灵的帮助下林夕一边修复神州号一边发展科技，建立公司，创造了巨大利益，帮助国家发展国防科技。期间与地球远古文明亚特兰蒂斯产生多次冲突，最终阻止其奴役人类称霸地球的目的。而后促使地球统一为地球联邦带领人类文明进军银河系，发现了被野蛮的哈雷帝国奴役的宇宙人类的存在，为了解救同胞和探寻宇宙人类的起源，林夕同地球联军通过与哈雷帝国和银河系红叶联邦的战争确立了人类对银河系的霸权，逐步与银河系其他种族成立了银河联盟。通过神州号内基因科技，人类的寿命不断的提高。

在科技进步及和平带来的安逸和舒适的时候，一个伤痕累累的星际舰队逐步向银河系靠拢，通过这个舰队带来的信息，林夕及银河联盟获悉了宇宙大半被一个神秘势力攻占，大量种族惨遭屠杀，战争在全宇宙爆发。为了保卫银河系的和平，林夕着手创立远征军，准备与宇宙联盟一同反抗。在林夕还没来得及出发会盟宇宙各族联军时，宇宙中早已经销声匿迹的虫族再现，林夕不得不先去抵抗虫族。与虫族交战期间林夕得知了神秘势力是由一个叫渊释天的人所控制。后来林夕与渊释天的舰队交战，第一次战斗就遭到了惨败，致使远征军团的先遣舰队全军覆没，林夕也差点命丧战场，这也让林夕全方位的重视对手。之后林夕同渊释天进行多次战斗，双方的战舰实力相同，没多久双方对峙起来，谁也没办法快速结束战争。通过林夕的战功，宇宙联盟逐步开始以林夕为首，推举林夕为宇宙联盟最高主席。

最后神州号完全修复，林夕从神州号修复的文件中得知渊释天是原来神州宇宙时神州号的前任舰长，在神州文明打开宇宙通道时在巧合下来到林夕所在的宇宙，并且得知神州宇宙并没有像蓝灵所说的完全毁灭，而只是打开宇宙通道时造成神州宇宙受到重创。林夕得知情况后本想劝说他放弃自己的野心，没想到渊释天却趁着和林夕谈判时偷袭宇宙联盟后方，使宇宙联盟损失惨重，使林夕领导的宇宙联盟丧失战争的主动权。

在渊释天的步步紧逼之下，林夕也看清楚了渊释天的面目，同蓝灵以神州号为旗舰被迫与其进行决战，期间人类结合神州文明的科技制造出神级武器在宇宙联盟即将失败的最后时刻力挽狂澜，一举打败渊释天，并从将死的渊释天口中得知人类的起源和渊释天统一宇宙的目的——为了获得全宇宙的能量打开宇宙通道回到神州宇宙。林夕同情渊释天对故乡的热爱，但依然无法原谅渊释天屠杀无辜种族和释放虫族的行为。因为战争的缘故人口大量减少的宇宙各种族，再也无法对人口已经遍及全宇宙的人类产生威胁，宇宙各族也通过这场战争知道了和平的重要性，宇宙走向了联合。